La gestión de datos del sistema de archivos tiene desventajas clave en comparación con los sistemas de gestión de bases de datos.
La gestión de datos del sistema de archivos (o bases de datos de archivos planos) sirvió como el único método de almacenamiento y recuperación de archivos antes de la llegada de los sistemas de gestión de bases de datos (como las bases de datos relacionales). Si bien conservan algo de uso, las bases de datos de archivos planos adolecen de poca accesibilidad, redundancia de datos, falta de acceso estándar a los archivos y la incapacidad de organizar los datos.
Redundancia de datos
Dado que las bases de datos de archivos planos se basan en archivos que contienen registros como texto sin ningún dato estructural, no pueden relacionar los datos de un archivo a otro. Por ejemplo, si un archivo contiene un registro de dirección del Sr. Johnson, otro archivo que usa información de la dirección del Sr. Johnson tiene que volver a crear esos datos. El segundo archivo debe duplicar los datos. Esto significa que los datos de la dirección del Sr. Johnson existen en dos archivos a la vez. A gran escala, esto conduce a una redundancia de datos que puede ocupar espacio rápidamente en la base de datos y resultar rentable.
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Acceso de usuario limitado
Los sistemas de archivos planos no suelen admitir el acceso de varios usuarios. Esto significa que varios usuarios en diferentes estaciones de trabajo no pueden acceder a los mismos datos simultáneamente, lo que limita el acceso a datos importantes si varios usuarios buscan los mismos datos al mismo tiempo.
Falta de estándares de almacenamiento y acceso
Dado que un sistema de archivos planos se basa en archivos para almacenar datos, necesariamente se basa en el sistema de archivos que define cómo se almacenan y leen esos archivos. Esto vincula los datos al sistema que los almacena, y cualquier software utilizado para acceder a los datos debe ajustarse al sistema de almacenamiento. En consecuencia, cualquier cambio en la base de datos requiere cambios en todo el software que accede a ella.
Falta de transacciones
Solicitar datos de una base de datos de archivos planos simplemente recupera datos de un solo archivo. Es imposible solicitar y recuperar datos de varios archivos al mismo tiempo (lo que se denomina "transacción"). Esto significa que las solicitudes complejas que hacen que la recuperación de datos sea precisa y eficiente simplemente no existen.