קבצים פגומים יכולים להיגרם ממספר שגיאות מערכת. בדרך כלל, כאשר קובץ מושחת, לא ניתן לגשת אליו או שחלק מהנתונים בקובץ אובדים. במקרים מסוימים נתונים מקובץ פגום ניתנים לאחזור, כמו בחלק מתוכניות Microsoft Office שיש להן "מצב שחזור" לנתונים שנשמרו אוטומטית.
מגזרים רעים
מגזרים הם חטיבות של דיסק קשיח. כאשר משתמש מנסה לשמור קובץ, המחשב מחפש סקטור בדיסק הקשיח כדי לשמור את הנתונים. אם המחשב שומר קובץ ב"מגזר רע", סביר להניח שהקובץ יהפוך לפגום או בלתי נגיש. סקטורים פגומים יכולים להיגרם מנזק פיזי (כלומר, הדיסק הקשיח מאבד מגנטיות ומכאן יכולתו לאחסן נתונים) או בדיקות זוגיות גרועות בדיסק. מחשב אינו יודע אילו סקטורים גרועים או לא יציבים, לכן המשתמש חייב לסרוק דיסקים קשיחים (כגון כונן C) כדי לבדוק אם יש סקטורים לא תקינים. ניתן לעשות זאת על ידי לחיצה ימנית על הכונן מתוך "המחשב שלי", בחירה ב"מאפיינים", "כלים" ובחירה ב"בדוק כעת" תחת הכותרת "בדיקת שגיאות".
סרטון היום
במערכות מחשב, "אשכול" הוא הכמות הקטנה ביותר של שטח דיסק הדרוש לאחסון קובץ. לקבצים מוקצים אשכולות בודדים, שיכולים לנוע בין מגזר אחד (512 בתים) ל-128 סקטורים (64 קילובייט). קובץ צולב מתרחש כאשר שני קבצים או יותר הוקצו לאותו אשכול, מה שישחית את כל הקבצים שנשמרו באותו אשכול. אשכולות אבודים עלולים גם לגרום לקבצים פגומים; כאשר קובץ נמחק מרשימת הספריות של המחשב, אך טבלת הקצאת הקבצים (FAT) עדיין מציגה אשכולות שהוקצו לקובץ זה, אשכולות הולכים לאיבוד ונתונים שנשמרים באשכול זה יופיעו כ"מצולבים", גם אם רישום הספרייה כבר נמחק.
קבצים נגועים ווירוסים
וירוסים יכולים למחוק קבצים, להדביק את רישום המחשב, לשנות תוויות נפח, לסמן סקטורים כגרועים ב- כונן, סמן אשכולות כגרועים ב-FAT, צור קבצים מקושרים או צור מחיצות חדשות בדיסק נהיגה. וירוס יכול לשנות בקלות את אופן השמירה והקריאה של קבצים במחשב, ולגרום לקבצים פגומים גם אם לא קיימת בעיה בכונן הקשיח. וירוסים יכולים, למשל, לסמן סקטורים כגרועים כשהם פועלים כרגיל, ולגרום לכל הקבצים להיות מושחתים או בלתי נגישים עבור המשתמש באותו מגזר.
קריסת מערכת
קריסת מערכת יכולה להיגרם מגורמים שונים במערכת המחשב. קריסות לוגיות (כלומר, כיבוי מוחלט, או "מסך המוות הכחול" עבור משתמשי Windows) מתרחשות כאשר תוכניות משתמשות בזיכרון מתנגש, או כאשר חומרה חדשה פגומה. לתוכניות מוקצים בדרך כלל זיכרון מהמערכת ואינן יכולות לחלוק חלק מהזיכרון; אם תוכנית אחת ניגשת לזיכרון שהוקצה לתוכנית אחרת, עלולה להתרחש קריסה. אם תוכניות המשתמשות בזיכרון ליבה (תוכניות מהימנות, כגון מערכת ההפעלה או מנהלי התקנים של החומרה) ניגשות לזיכרון של תוכנת ליבה אחרת, תתרחש קריסה/כיבוי של המערכת. בשני המקרים, אם קובץ נשמר, ניגשים אליו או נפתח לפעמים, הקובץ עלול להיפגם כתוצאה מכיבוי פתאומי.