डेटाबेस प्रबंधन प्रणालियों की तुलना में फ़ाइल सिस्टम डेटा प्रबंधन के प्रमुख नुकसान हैं
फ़ाइल सिस्टम डेटा प्रबंधन (या फ्लैट-फ़ाइल डेटाबेस) डेटाबेस प्रबंधन प्रणालियों (जैसे रिलेशनल डेटाबेस) के आगमन से पहले फ़ाइल भंडारण और पुनर्प्राप्ति की एकमात्र विधि के रूप में कार्य करता है। कुछ उपयोग बनाए रखते हुए, फ्लैट-फ़ाइल डेटाबेस खराब पहुंच, डेटा अतिरेक, मानक फ़ाइल पहुंच की कमी और डेटा को व्यवस्थित करने में असमर्थता से ग्रस्त हैं।
आधार सामग्री अतिरेक
चूंकि फ्लैट-फाइल डेटाबेस उन फाइलों पर भरोसा करते हैं जिनमें बिना किसी संरचनात्मक डेटा के टेक्स्ट के रूप में रिकॉर्ड होते हैं, वे डेटा को एक फ़ाइल से दूसरी फ़ाइल से संबंधित नहीं कर सकते हैं। उदाहरण के लिए, यदि एक फ़ाइल में मिस्टर जॉनसन का पता रिकॉर्ड है, तो दूसरी फ़ाइल जो मिस्टर जॉनसन पर पता जानकारी का उपयोग करती है, को उस डेटा को फिर से बनाना होगा। दूसरी फ़ाइल को डेटा की नकल करनी चाहिए। इसका मतलब है कि मिस्टर जॉनसन का पता डेटा एक साथ दो फाइलों में मौजूद है। बड़े पैमाने पर, यह डेटा अतिरेक की ओर जाता है जो जल्दी से डेटाबेस में जगह ले सकता है और लागत-अक्षम साबित हो सकता है।
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सीमित उपयोगकर्ता पहुंच
फ़्लैट-फ़ाइल सिस्टम आमतौर पर एकाधिक उपयोगकर्ताओं के लिए पहुँच का समर्थन नहीं करते हैं। इसका अर्थ यह है कि यदि एक से अधिक उपयोगकर्ता एक ही समय में एक ही डेटा की खोज करते हैं, तो विभिन्न कार्यस्थानों पर एकाधिक उपयोगकर्ता एक ही डेटा तक एक साथ नहीं पहुंच सकते हैं, महत्वपूर्ण डेटा तक पहुंच सीमित कर सकते हैं।
भंडारण और पहुंच मानकों की कमी
चूंकि एक फ्लैट-फाइल सिस्टम डेटा स्टोर करने के लिए फाइलों पर निर्भर करता है, यह जरूरी फाइल सिस्टम पर निर्भर करता है जो परिभाषित करता है कि उन फाइलों को कैसे संग्रहीत और पढ़ा जाता है। यह डेटा को उस सिस्टम से जोड़ता है जो इसे स्टोर करता है, और डेटा तक पहुंचने के लिए उपयोग किए जाने वाले किसी भी सॉफ़्टवेयर को स्टोरेज सिस्टम के अनुरूप होना चाहिए। तदनुसार, डेटाबेस में किसी भी परिवर्तन के लिए उस तक पहुँचने वाले सभी सॉफ़्टवेयर में परिवर्तन की आवश्यकता होती है।
लेन-देन की कमी
एक फ्लैट-फ़ाइल डेटाबेस से डेटा का अनुरोध करना केवल एक फ़ाइल से डेटा पुनर्प्राप्त करता है। एक ही समय में (जिसे "लेन-देन" कहा जाता है) विभिन्न फाइलों से डेटा का अनुरोध करना और पुनर्प्राप्त करना असंभव है। इसका मतलब यह है कि डेटा पुनर्प्राप्ति को सटीक और कुशल बनाने वाले जटिल अनुरोध मौजूद नहीं हैं।